Modeling protein binding electron-transport chain of photosynthesis for example, docking of plastocyanin and cytochrome f

Description |

Demo |

List of models |

ДЕМО-ВЕРСИЯ

На входе - два белка, пластоцианин и цитохром f. Реакция происходит в растворе.

Программа-посредник запускает protein_dynamics в режиме расчета потенциала и диэлектрической проницаемости,
формирует конфиг для счетного варианта и запускает его на счет.

Возвращаемые результаты – кинетическая кривая (количество образовавшихся комплексов в зависимости от времени).

Pdb-файлы для взаимодействующих белков:
PDB-файл для восстановленного пластоцианина (A.pdb_red):		pc_e.pdb
PDB-файл для окисленного пластоцианина (A.pdb_ox):		pc.pdb
PDB-файл для восстановленного цитохрома (B.pdb_red):		cyt_e.pdb
PDB-файл для окисленного цитохрома (B.pdb_ox):		pdb_ox
Размер реакционного объема:
Длина параллелепипеда (Scene.xmin, Scene.xmax):	мм
Ширина параллелепипеда (Scene.ymin, Scene.ymax):	мм
Высота параллелепипеда (Scene.zmin, Scene.zmax):	мм
Количество восстановленных и окисленных молекул пластоцианина и цитохрома:
Количество окисленного пластоцианина (A.N_OX):	шт
Количество восстановленного пластоцианина (A.N_RED):	шт
Концентрация пластоцианина C_PC = ((A.N_OX + A.N_RED) / ((xmax-xmin)(ymax-ymin)(zmax-zmin)) / 0.609 ) * 10³мМоль/л:	шт/мм³ мМоль/л
Количество окисленного цитохрома (B.N_OX):	шт
Количество восстановленного цитохрома (B.N_RED):	шт
Концентрация цитохрома C_Сyt = ((B.N_OX + B.N_RED) / ((xmax-xmin)(ymax-ymin)(zmax-zmin)) / 0.609 ) * 10³мМоль/л:	шт/мм³ мМоль/л
Моделируемое время взаимодействия:
Время:	мс
Число шагов (Calculation.NT): (1 шаг = 1е^-4 мс.)
Ионная сила раствора:
Ионная сила раствора (Physics.I):	мМоль/м³