Russian  |  English
Project
Encyclopaedia
Index
Surveys
Models
Databases

Modeling protein binding electron-transport chain of photosynthesis for example, docking of plastocyanin and cytochrome f

|   Description  |   Demo  |   List of models  |

ДЕМО-ВЕРСИЯ

На входе - два белка, пластоцианин и цитохром f. Реакция происходит в растворе.

Программа-посредник запускает protein_dynamics в режиме расчета потенциала и диэлектрической проницаемости,
формирует конфиг для счетного варианта и запускает его на счет.

Возвращаемые результаты – кинетическая кривая (количество образовавшихся комплексов в зависимости от времени).


Pdb-файлы для взаимодействующих белков:
PDB-файл для восстановленного пластоцианина (A.pdb_red): pc_e.pdb
PDB-файл для окисленного пластоцианина (A.pdb_ox): pc.pdb
PDB-файл для восстановленного цитохрома (B.pdb_red): cyt_e.pdb
PDB-файл для окисленного цитохрома (B.pdb_ox): pdb_ox
Размер реакционного объема:
Длина параллелепипеда (Scene.xmin, Scene.xmax):      мм
Ширина параллелепипеда (Scene.ymin, Scene.ymax):      мм
Высота параллелепипеда (Scene.zmin, Scene.zmax):      мм
Количество восстановленных и окисленных молекул пластоцианина и цитохрома:
Количество окисленного пластоцианина (A.N_OX):   шт
Количество восстановленного пластоцианина (A.N_RED):   шт
Концентрация пластоцианина
CPC = ((A.N_OX + A.N_RED) / ((xmax-xmin)*(ymax-ymin)*(zmax-zmin)) / 0.609 ) * 103мМоль/л:
  шт/мм3     мМоль/л
Количество окисленного цитохрома (B.N_OX):   шт
Количество восстановленного цитохрома (B.N_RED):   шт
Концентрация цитохрома
CСyt = ((B.N_OX + B.N_RED) / ((xmax-xmin)*(ymax-ymin)*(zmax-zmin)) / 0.609 ) * 103мМоль/л:
  шт/мм3     мМоль/л
Моделируемое время взаимодействия:
Время:   мс
Число шагов (Calculation.NT):
(1 шаг = 1е-4 мс.)
Ионная сила раствора:
Ионная сила раствора (Physics.I):   мМоль/м3


Copyright 2004-2024 © Institute of Mathematical Problems of Biology RAS
Project
Encyclopaedia
Index
Surveys
Models
Databases