МОДЕЛЬ ПЕРЕНОСА ЭЛЕКТРОНА В ФОТОСИНТЕТИЧЕСКОЙ МЕМБРАНЕ

Модельная сцена представляет собой область в трехмерном пространстве, включающую несколько компартментов: участок двойной фотосинтетической мембраны, межмембранное пространство (люмен) и область снаружи мембраны (строму). В модель включены мобильные переносчики электрона (пластоцианин в люмене, ферредоксин в строме и пластохинон в мембране), а также встроенные в мембрану белковые комплексы фотосистем I и II и цитохромный b6f комплекс.

Параметрами модели являются геометрические размеры моделируемого участка фотосинтетической мембраны, и количество (плотность) комплексов.

Движение мобильных переносчиков описывается броуновской динамикой. Задаются коэффициенты диффузии переносчиков. В модели учитываются столкновения между переносчиками и белковыми комплексами.

Реакции между переносчиками и комплексами описываются через радиус взаимодействия d и вероятность реакции p. Если переносчик электрона подходит к сайту посадки на комплексе на расстояние, меньшее d, с вероятностью p возможна стыковка и реакция передачи электрона.